Pondok pesantren Mambaul Ulum Bata-Bata didirikan oleh RKH .Abd Majid yang tak lain merupakan putra RKH. Abd Hamid bin RKH Itsbat, Banyuanyar pada tahun 1943 M / 1363 H, Kepemimpinan RKH Abd Majid berlangsung selama 14 tahun terhitung mulai tahun 1943 M sampai dengan 1957 M. Pada masa kepemimpinan beliau pembelajaran di Pondok Pesantren Mambaul Ulum Bata-Bata bersifat Pengajian kitab dengan sistem sorogan, pada saat itu belum berdiri pendidikan formal, dalam hal jumlah santri sampai mencapai 700 santri, Beliau Wafat pada tanggal 6 Syawal 1364 H/ 1957 M.
Setelah wafatnya RKH Abd Majid, Selama dua tahun (1957–1959 M) Pondok Pesantren Mambaul Ulum Bata Bata mengalami kekosongan kepemimpinan. Hal ini disebabkan karena putera beliau, RKH Abd Qadir masih belajar di Mekah sedangkan menantunya, RKH Ahmad Mahfudz Zayyadi (Ayah RKH Abd Hamid, Pengasuh sekarang) sudah menetap di Pondok Pesantren Nurul Abror, Alasbuluh, Wongsorejo, Banyuwangi. Bahkan, kekosongan yang cukup lama ini menyebabkan lokasi pesantren banyak ditumbuhi rumput hingga setinggi lutut. Untuk mengisi kekosongan itu, RKH Abd. Hamid Bakir (Putera RKH Abd Majid, pengasuh PP Banyuanyar) pulang-pergi Banyuanyar-Bata-Bata untuk memberikan pembinaan pada dua pesantren sekaligus.
Tepat Pada tahun 1959 M, RKH Abd Qadir pulang dari Mekah untuk melanjutkan kepemimpinan di Pondok Pesantren Mambaul Ulum Bata-Bata, Akan tetapi kepemimipinan beliau tidak berlangsung lama karena pada tahun yang sama, tangga l5 Agustus 1959 beliau berpulang ke Rahmatullah, hal ini menyebabkan kekosongan kepemimpinan yang kedua kalinya bagi Pondok Pesantren Mambaul Ulum Bata-Bata.
Pengasuh Ketiga PP. Mambaul Ulum Bata-Bata
Kemudian, Untuk melanjutkan kepemimpinan pesantren, keluarga besar pesantren meminta kesediaan RKH. Ahmad Mahfudz Zayyadi yang selama 12 tahun bermukim di Pondok Pesantren Nurul Abror Banyuwangi untuk pulang ke Bata-Bata dan bersedia menjadi pengasuh. Akhirnya, beliau berkenan untuk memimpin Pondok Pesantren Mambaul Ulum Bata Bata. Kepemimpinan RKH. Ahmad Mahfudz Zayyadi berlangsung selama + 26 tahun (1959-1986 M). Beliau wafat pada hari Rabu tanggal 12 Ramadlan 1407 H/1986 M.
Hingga akhirnya sejak 1987–sekarang kepemimpinan Pondok Pesantren Mambaul Ulum Bata-Bata dilanjutkan oleh RKH. Abd. Hamid Ahmad Mahfudz Zayyadi. Sebelum menjadi pengasuh, beliau menimba ilmu di Pondok Pesantren Sidogiri, Pasuruan selama 7 Tahun dan melanjutkan ke Mekah selama 12 tahun dibawah asuhan para ulama besar yang antara lain : Sayyid Muhammad Amin Kuthbi, Sayyid Alawi Al-Maliki, Sayyid Muhammad Hasan Al-Yamani, Sayyid Hasan Al-Masysyath, Syeikh Yasin bin Isa Al-Padangi, Syeikh Abdullah al-Lahji dan Syeikh Ismail bin Zain al-Yamani serta Syeikh Abdul Hamid Al-Kaf.
