
Dewan Ma’hadiyah
Dewan Ma’hadiyah merupakan Instansi yang secara khusus memiliki tugas merencanakan, mengorganisasikan, dan bertanggung jawab atas semua kegiatan di asrama Pondok Pesantren Mambaul Ulum Bata–Bata, kegiatan tersebut meliputi Bidang Pendidikan dan Pengajaran baik yang diselenggarakan secara terpusat maupun yang tersebar di Daerah-Daerah (Asrama), Bidang Ubudiyah, Bidang Pengembangan Bakat dan Minat yang dikelola melalui Badan Otonom, serta program-program yang lain yang langsung dikoordinasikan oleh Ketua Umum Dewan Ma’hadiyah.

Dalam menjalankan tugasnya Ketua Umum Dewan Ma’hadiyah, dibantu oleh dua ketua, yang sama-sama memiliki tanggung jawab dalam membawahi beberapa kepala bidang, dan kepala bidang membawahi beberapa kepala seksi. Sehingga garis organisasi yang diciptakan demikian diharapkan mampu mensinergikan hirarki organisasi dan mempermudah dalam melaksanakan, mengontrol dan mengevaluasi kegiatan dari semua kepala seksi dan kepala bidang yang dimaksud.

Dewan Madrasiyah
Pendidikan formal (madrasah/sekolah) yang diselenggarakan di Pondok Pesantren Mambaul Ulum Bata-Bata berjenjang mulai dari jenjang dasar hingga jenjang menengah atas, meliputi : PAUD, MI, MTs. MA, dan MDU, Keberadaan lembaga-lembaga tersebut membutuhkan wadah yang menjamin kualitas pendidikan di madrasah.
Maka dibentuklah pengawas madrasah dengan nama Dewan Madrasiyah. diawal berdirinya Dewan Madrasiyah disamping berfungsi sebagai fasiltiator dari lembaga-lembaga naungan, juga menjadi pusat kebijakan pendidikan di madrasah, baik kurikulum dan pembelajaran, manajemen serta sistem keuangan. Hal ini terus berlangsung hingga periode ke 4 kepemimpinan, tepatnya tahun 2009.
Pada akhir masa jabatan periode ke 4 dibentuklah Tim 9 untuk merumuskan kembali tugas pokok dan fungsi Dewan Madrasiyah yang menghasilkan kebijakan bahwa Dewan Madrasiyah berfungsi sebagai fasilitator, mediator dan supervisor dari semua lembaga pendidikan formal di Pondok Pesantren Mambaul Ulum Bata-Bata.
Kebijakan tersebut dijalankan oleh pengurus periode ke 5 sampai saat ini, lembaga yang berada di bawah naungan Dewan Madrasiyah antara lain : Madrasah Ibtidaiyah Mambaul Ulum I Bata-Bata (MIMU I), Madrasah Ibtidaiyah Mambaul Ulum III Bata-Bata (MIMU III), Madrasah Diniyah Ula (MDU), Madrasah Tsanawiyah (MTs), Madrasah Aliyah (MA), dan Sekolah Menengah Kejuruan (SMK).

Dewan Taudzifiyah
Dewan Taudzifiyah adalah Instansi Pondok Pesantren Mambaul Ulum Bata-Bata yang ditugaskan untuk mengkoordinir pengabdian yang diwajibkan kepada lulusan Madrasah Aliyah Mambaul Ulum Bata-Bata. Dewan Taudzifiyah menetapkan beberapa kriteria calon guru tugas. Kriteria tersebut digunakan sebagai tolak ukur layak dan tidaknya lulusan itu diberangkatkan tugas atau tidak. Setelah mempertimbangkan kelayakan calon guru tugas, Instansi ini juga memiliki peraturan baik pada Pananggung Jawab Guru Tugas (PJGT) atau Guru Tugas (GT).
Lulusan MA. Mambaul Ulum Bata-Bata yang telah lulus seleksi diwajibkan mengikuti program penugasan keluar selama satu tahun. seleksi guru tugas dilakukan dengan mempertimbangkan beberapa aspek calon guru tugas, meliputi:
- Prestasi akademik atau kemampuan dalam bidang keilmuan
- Keaktifan dan kedisiplinan selama menjadi siswa
- Prilaku didalam dan luar kelas
- Kebutuhan tertentu
Seleksi guru tugas diselenggarakan oleh Dewan Taudzifiyah, dengan mengikut sertakan Dewan yang lain yang terdiri dari : 1) Dewan Ma`hadiyah, 2) Dewan Madrasiyah dan atau Wali Kelas, 3). Dewan Amnil`am. Selama menjalani masa tugas, guru tugas tidak diperbolehkan mengambil ijazah sebelum masa tugas minimal (1 tahun) selesai.